En poursuivant votre navigation sur ce site, vous acceptez l'utilisation de cookies pour vous proposer des contenus et services adaptés. Mentions légales.
Vie de l'association
Université d'été 2011
Recherche
Recherche

M. Christian Pinatel, Directeur du Centre technique de l’Olivier à Aix-en-Provence nous a proposé de participer à une étude nationale pour reconnaître les variétés des vieux oliviers, par la génétique. Jo Charaix, Paul Malbos et Maurice Folcher ont parcouru le département, (700 kilomètres, 11 sorties,) pour récolter 48 échantillons de feuillage d’olivier. Les arbres ont étés localisés par GPS mais aussi par parcelles. Les analyses ont étés faites par le laboratoire ADN id de Montferrier-le- Lez, Hérault.

Ils nous font un petit résumé de leur travail avec quelques explications très simplifiées sur ce type de recherche.

Andrée Lapierre, présidente

Reconnaissance variétale de l’olivier en Ardèche 

Depuis quelques décennies, tout a changé dans le domaine de la reconnaissance variétale. Le travail incroyable et remarquable de Joseph Ruby dans les années 1918 est toujours la référence pour la description morphologique de l’olivier dans sa totalité. Il décrivait sans le savoir le phénotype de l’olivier. Nous disposons maintenant d’une autre méthode : le génotype, qui permet de reconnaître une variété grâce à son patrimoine génétique.

vieuxolivier.jpg                           echantillon_determination_ADN.jpg

     Vieux olivier sorti des broussailles à Sampzon.                                                                 Sachet de rameaux échantillon pour test ADN

Le phénotype

Le phénotype est l’ensemble des caractères apparents d’un individu.

Pour l’olivier nous décrivons en premier l’arbre : son allure, sa taille, son port avec des rameaux montants, retombants ou étalés par exemple. Nous examinons ensuite de façon très précise la feuille, sa longueur et sa largeur mesurées avec un pied à coulisse, sa forme : plate, lancéolée, en hélice, sa couleur, dessus et dessous, la forme du pétiole, sa taille. Puis nous nous intéressons au fruit. Il faut vérifier sa taille, sa forme, son plus grand diamètre et comment s’effectue sa maturité : s’il commence à se colorer par le sommet, par la base ou partout à la fois, s’il est pruiné ou pas et comporte des lenticelles ou non. L’observation du noyau est la plus déterminante : sa forme, son aspect rugueux ou non, mais surtout ses sillons ou faisceaux que l’on peut dénombrer à partir de la base. Le décompte n’est pas toujours facile même en s’aidant d’une loupe à fort grossissement !

Pour chacun de ces critères, arbre, feuille, fruit, noyau, nous nous servons de tables d’identification déjà établies. Par exemple : un arbre petit est classé dans un répertoire où tous les arbres sont petits ; si sa feuille est longue, plate et vert foncé, cet arbre rentre dans un autre répertoire complémentaire déjà plus restreint ; si le fruit est plutôt rond et si le noyau a 7 faisceaux, on affine encore… Nous arrivons par élimination en cascade et avec ces clés successives à une détermination de la variété. *

Mais tout n’est pas si simple, il faut aussi tenir compte des conditions de vie de l’arbre. Elevé au sec dans la pierraille, il n’aura pas la même allure que s’il pousse sur un terrain fertile et s’il est irrigué ses fruits seront différents et son noyau pas toujours facile à décrypter .

Cette approche de détermination variétale était la seule connue avant l’avènement de la génétique et reste valable dans certains cas.

3feuilles2022.jpg3noyaux2022.jpgnoyau2022.jpg  

Le génotype

C’est l’ensemble de la composition génétique d’un individu.

C’est à dire le génome représentant tous ses chromosomes. Ils portent les gènes qui transmettent les caractères héréditaires précis et personnels de chacun.

Les chromosomes sont constitués d’ADN ( Acide Désoxyribo Nucléique) toujours présente dans le noyau de chacune des cellules. En fait le chromosome est un «empilement» de nucléotides qui sont des composés chimiques comportant chacun, une base azotée (cytosine ou thymine,ou adénine,ou guanine). Un sucre à cinq carbones et un groupe phosphate, c’est la plus petite unité moléculaire constituante du chromosome. Les nucléotides sont toujours associés par paire face à face reliés par une liaison fragile. Ils constituent un escalier à colimaçon: la fameuse double hélice de Watson et Crick.

Un chromosome mesure moins de vingt microns, l’ADN qu’il contient est comprimé, s’il était étalé sa longueur totale de la chaîne pourrait mesurer plus de deux mètres. Il est possible d’analyser la totalité de l’ADN et l’ensemble des nucléotides mais c’est difficile, très long, source à erreur. En sachant bien qu’il y a très, très peu de différence entre deux ADN d’oliviers de variétés différentes. Nous possédons encore 25% de gènes en commun avec l’olivier alors que nous sommes séparés depuis la nuit des temps.

Heureusement, les chercheurs ont remarqué que sur toute la longueur de la chaîne ADN que contient le chromosome , il y avait des séquences identiques formées par une répétition continue de motifs composés de un à quatre nucléotides. La longueur de ces séquences (c’est à dire le nombre de répétitions) varie selon l’espèce mais aussi d’un individu à l’autre . Ce qui évite d’analyser tout l’ADN du chromosome mais seulement ces séquences appelées microsatellites qui définiront l’identité de l’individu. Avec des méthodes d’analyse classique et facile comme l’électrophorèse, on peut facilement les repérer.

On parle alors de «marqueurs». Chaque marqueur possède ce segment d’ADN répétitif avec un début et une fin appelées amorces. Une fois identifiés, repérés, dénombrés, il est possible de créer une banque de donnée, caractéristique de chaque variété.

Dans la pratique et pour une identification routinière on ne se sert le plus souvent que de huit marqueurs ce qui donne une probabilité d’erreur infime de l’ordre de 0,00003 pour cent!!.

Nous pourrions penser que nous avons trouvé la clé du problème pour déterminer à coup sûr la variété de cet arbre, mais ce n’est pas aussi simple. En effet, si dans notre recherche comparative notre analyse trouve des marqueurs différents, nous pouvons affirmer que ces deux arbres sont différents mais si nous avons une réponse identique pour l’arbre à identifier et la base de données des marqueurs, rien n’est certain. Nous avons tous entendu parler du test de paternité pour les humains, si le test génétique avec des marqueurs bien ciblés est négatif, c’est certain que l’individu n’est pas le père biologique de l’enfant, mais si le test est positif, il y a toujours un doute et une incertitude. C’est la même chose pour l’olivier.

La logique mathématique nous dira alors qu’il faut augmenter le nombre de marqueurs pour faire une analyse plus fine, plus précise mais pour des raisons de coût on ne peut pas multiplier les marqueurs inconsidérément. Nous devrons donc faire un compromis avec à la fois les résultats de l’analyse génétique et l’observation du phénotype de l’arbre et accepter le résultat commun de chacune des parties. Un exemple pour résumer, si l’analyse génétique nous dit: Négrette et si la description morphologique nous dit Négrette aussi, nous n’irons pas plus loin dans la recherche. C’est une Négrette. Par contre si le génotype nous dit Négrette et si le phénotype nous dit Rougette, ça ne va plus. Et dans ce cas nous devrons poursuivre nos investigations pour en savoir plus.

Grace aux marqueurs microsatellites nous pouvons déterminer  facilement  les variétés d’oliviers dans la  très grande majorité  des cas mais il faut aussi tenir compte du phénotype de l’individu et garder en mémoire que cette immense découverte qu’est la génétique doit nous rendre encore plus humble face à cet arbre toujours plein de mystères.

*Identification et caractéristiques des variétés d’olivier: tome 2 Nathalie Moutier, Christian Pinatel, André Martre,Jean Paul Rogier.

    

               Jo Charaix                            Paul  Malbos                       Maurice Folcher. 


Date de création : 23/08/2022 @ 21:00
Catégorie : Vie de l'association - Activités
Page lue 477 fois

Préférences

Se reconnecter :
Votre nom (ou pseudo) :
Votre mot de passe
<O>

    visiteurs
    visiteurs en ligne

Calendrier
Webmaster - Infos
Lettre d'information
Pour avoir des nouvelles de ce site, inscrivez-vous à notre Newsletter.
Recopier le code :
Visites

   visiteurs

   visiteurs en ligne